Zgodnie z ustawą z dnia 21 czerwca 1996 r. o urzędach i izbach skarbowych (Dz. U. nr 106, poz. 489 ze zm.) Dyrektor Izby Skarbowej jest organem administracji rządowej niezespolonej, podlegającym ministrowi właściwemu do spraw finansów publicznych i wykonującym zadania znajdujące się w zakresie właściwości określonej ustawowo. Dyrektor Izby Skarbowej jest organem podatkowym, wyższego stopnia w stosunku do Naczelnika Urzędu Skarbowego. Dyrektor Izby Skarbowej wykonuje swoje zadania przy pomocy kierowanej przez siebie Izby Skarbowej. Minister Finansów w drodze zarządzenia określa organizację izby skarbowej oraz nadaje jej statut.