Un modelo es una representación simplificada de un objeto de estudio con el fin de facilitar su comprensión. Lo primero que viene a la mente al oir "modelado molecular" son los modelos de plastico utilizados para representar estructuras químicas. Sin embargo, el campo actualmente denominado "modelado molecular" consiste en la representación matemática y computacional de la materia a nivel molecular, con base en las leyes de la física clásica y cuántica.