Vorläufer der Hochschule war die Philosophisch-Theologische Hochschule der Diözese Linz, die 1988 in den Rang einer Theologischen Fakultät erhoben wurde. Vom Bundesministerium für Bildung, Wissenschaft und Kultur wurde die Katholisch-Theologische Hochschule Linz am 2. August 2000 als erste Privatuniversität Österreichs akkreditiert. Der Name wurde nach der Akkreditierung in Katholisch-Theologische Privatuniversität Linz (KTU Linz) geändert.