Die Tradition der Universitätsstadt Paderborn reicht zurück bis in das Jahr 1614, als durch den Fürstbischof Dietrich von Fürstenberg in Paderborn eine Universität mit einer theologischen und einer philosophischen Fakultät gegründet wurde. Sie war damals die einzige Universität in Westfalen mit Promotionsrecht und wurde 1818 unter Napoleon aufgelöst.

Die Neugründung der Universität Paderborn erfolgte 1972 als Gesamthochschule. Neben dem Standort Paderborn mit dem Angebot der Universitätsstudiengänge gab es drei Fachhochschulabteilungen in Höxter, Meschede und Soest. Inzwischen wurde der Gesamthochschultyp aufgegeben und die Abteilung Höxter ist Bestandteil der Fachhochschule Lippe und Höxter. Die ehemaligen Fachhochschulabteilungen in Meschede und Soest gehören heute zur Fachhochschule Südwestfalen.

Die Universität Paderborn hat fünf Fakultäten und bietet 87 Studiengänge in geistes- und gesellschaftswissenschaftlichen, wirtschaftswissenschaftlichen sowie natur- und ingenieurwissenschaftlichen Disziplinen an. Im Wintersemester 2002/2003 waren etwa 13.800 Studierende an der Hochschule immatrikuliert.