Die Universität Passau nahm im Winteremester 1978/79 mit der Katholisch-Theologischen Fakultät, der Juristischen Fakultät und der Wirtschaftswissenschaftlichen Fakultät die Lehr- und Forschungstätigkeit auf. Weitere Fakultäten kamen in den folgenden Jahren hinzu. Heute hat die Hochschule etwa 7.700 Studierende (Stand: WS 2002/2003).

Die Hochschultradition der Stadt Passau reicht allerdings zurück bis in das Jahr 1622, als eine Hochschule zur Heranbildung von Welt- und Ordensgeistlichen dem bestehenden Gymnasium angegliedert wurde. 1723 wurde die Hochschule zur fürstbischöflichen Akademie umgewandelt. Nach zeitweiligem Untergang der Passauer Hochschule wurde sie 1923 umbenannt als Philosophisch-theologische Hochschule. Der Bayerische Landtag beschloss am 7. Dezember 1972 das Gesetz über die Errichtung einer Universität in Passau mit Wirkung vom 1. Januar 1973. Die Eingliederung der Philosophisch-theologischen Hochschule in Passau in die Universität Passau erfolgte kurz vor der Eröffnung der Universität, die am 9. Oktober 1978 stattfand.