Ellikon liegt östlich von Winterthur zwischen den zürcherischen Gemeinden Altikon und Rickenbach sowie den Thurgauer Orten Uesslingen und Frauenfeld. Zwischen der nördlichen Gemeindegrenze und der Thur liegt noch ein schmaler Streifen thurgauisches Kantonsgebiet, so dass die Gemeinde nicht direkt an den Fluss stösst. Postleitzahl: 8548 Ellikon an der Thur Nicht verwechseln mit 8464 Ellikon am Rhein / Gemeinde Marthalen ZH!