工业装备结构分析国家重点实验室 - 研究解决工程结构设计中共性的关键力学问题以及多学科耦合问题、特殊工程环境下的结构与材料性能问题。 能源清洁利用国家重点实验室 - 实验室主要围绕能源科学技术领域中能源与环境问题开展应用基础研究。 水文水资源与水利工程科学国家重点实验室 - 于2004年10月经科技部批准，依托河海大学和南京水利科学研究院建设。 流体传动及控制国家重点实验室 - 实验室主要研究方向是流体传动及控制。该学科是一门综合流体动力、机械、电子、监测与控制技术为一体的工程技术学科。 牵引动力国家重点实验室 - 实验室主要研究方向所在学科为载运工具运用工程，设立6个研究方向。 轧制技术及连轧自动化国家重点实验室 - 轧制技术及连轧自动化国家重点实验室是我国在轧制技术及其自动化领域内的重要研究基地。