L'any 2.015 la humanitat s'ha recuperat d'una manera miraculosa d'una gran catàstrofe. L'ONU sap que la catàstrofe forma part d'un pla que té com a fi la destrucció de la humanitat. NERV és l'organització secreta encarregada d'aturar aquest pla. Un dels seus objectius consisteix en protegir la humanitat d'un nou perill, els Shitos (Apòstols).